Source : CENTRE DE CRISE SANITAIRE – Pôle Situation-Opérations
du 23/12/20
Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté au Royaume-Uni. Ce nouveau variant est défini par de multiples variations des gènes codant pour les protéines de spicule (S) ainsi que par des variations d’autres régions génomiques. Le Royaume-Uni rapporte que ces variations (notamment la délétion 69-70 dans la protéine de pointe) provoquent un résultat négatif de certains tests RT-PCR dont les amorces ciblent le gène « S ».
Les données des enquêtes épidémiologiques et virologiques britanniques ont indiqué une transmissibilité plus importante du variant dans le Sud-Est de l’Angleterre, qui aurait progressivement remplacé les autres virus circulants, avec un potentiel estimé d’augmentation du nombre de reproduction (R) de 0,4 ou plus. Rien n’indique toutefois à ce stade que le nouveau variant entraîne une augmentation de la gravité de l’infection.
Alors que ce nouveau variant semble être détecté dans plusieurs autres pays européens (quelques cas de ce nouveau variant ont été signalés à ce jour au Danemark et aux Pays-Bas et, selon les médias, en Belgique), il devient nécessaire de documenter la circulation de ce variant en France[1].
- Impact des variations du virus sur l’efficacité de dépistage
a) Concernant les tests RT-PCR
La réglementation française oblige les tests RT-PCR à avoir deux cibles au minimum, permettant ainsi de détecter des discordances si une cible a muté. De ce fait, ces tests ne présentent pas de risque de non détection de la présence du SARS-CoV-2. Toutefois, pour les tests RT-PCR incluant la détection du gène « S », une attention particulière devra être portée sur l’interprétation en cas de discordances avec les autres cibles.
- b) Concernant les tests antigéniques
L’identification des tests antigéniques ciblant exclusivement la protéine « S » pour lesquels cette mutation peut avoir un impact sur l’efficacité des tests a été réalisée par l’ANSM. Les tests antigéniques ciblant la protéine N ne sont pas, quant à eux, impactés, et ces derniers représentent la très large majorité des tests antigéniques utilisés. Le site Internet https://covid-19.sante.gouv.fr/tests a été actualisé pour indiquer quelle(s) protéine(s) cible chaque test.
- Consignes relatives à l’adaptation du dépistage en vue de documenter la circulation de ce variant sur le territoire national
a) Interrogatoire des personnes dépistées
Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ « pays de provenance »).
- b) Orientation vers un test RT-PCR
Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR.
- c) Réalisation du génotypage
Il est demandé de réaliser le génotypage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 correspondant aux deux cas de figure suivants :
- Une personne ayant séjourné au Royaume-Uni dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;
- Une discordance de la cible « S » avec les autres cibles.
En cas d’impossibilité de réaliser le génotypage au sein du laboratoire ou centre de dépistage du SARS-CoV-2, un envoi de ces prélèvements au CNR doit être réalisé dans les meilleurs délais portant la mention d’un lien possible avec un séjour au Royaume Uni ou de la discordance de la cible « S ».
NB : L’ensemble de ces consignes est à mettre en œuvre par les laboratoires et les professionnels de santé à partir du 23/12/2020. Les personnes ayant récemment séjourné au Royaume-Uni ou ayant été en contact à risque avec une personne y ayant séjourné seront sensibilisées à l’importance de réaliser un test devant l’apparition de symptômes et/ou si les mesures barrière n’ont pas été respectées lors de ce séjour.
III. Définition de cas et conduite à tenir en cas de réinfection au SARS-CoV-2
Santé Publique France a établi une définition de cas de réinfection au SARS-CoV-2, reposant sur une nouvelle atteinte à la Covid-19, biologiquement confirmée, à plus de 2 mois d’intervalle sans symptômes évocateurs.
En cas de réinfection possible, probable ou confirmée au SARS-CoV-2, tout patient doit être pris en charge comme un nouveau cas confirmé (avec isolement immédiat et déclenchement du contact-tracing). Pour caractériser cette potentielle réinfection, des éléments complémentaires des 2 épisodes de Covid-19 doivent être collectés (cliniques, biologiques, épidémiologiques, sociodémographiques) et des analyses complémentaires de type virologique (séquençage, culture virale) et sérologique réalisées.
A cet effet, tout cas probable ou confirmé de réinfection par le SARS-CoV-2 doit faire l’objet d’une notification à Santé publique France et au CNR des virus des infections respiratoires[2].
IV. Conduite à tenir pour les cas possibles et confirmés du nouveau variant et leurs personnes contact à risque
Toute personne susceptible d’être infectée par le nouveau variant, toute personne testée positive pour ce nouveau variant et toute personne contact à risque d’un cas confirmé par ce nouveau variant devra respecter strictement l’isolement / la quarantaine. Il n’y a pas de conduite à tenir particulière s’agissant de l’isolement pour les personnes infectées par ce variant, il convient toutefois de rappeler aux personnes concernées que toute infection ou contact à risque doit conduire à un isolement strict.
Nous vous remercions pour votre mobilisation et vous tiendrons informés de toute nouvelle évolution des conduites à tenir en lien avec cette mutation du SARS-CoV-2.
[1] Augmentation rapide d’un variant du SARS-CoV-2 avec de multiples mutations de protéines de spicule observées au Royaume-Uni, ECDC, 20 décembre 2020 : https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-rapid-increase-sars-cov-2-variant-united-kingdom
[2] Les définitions des cas de réinfections et la conduite à tenir sont disponibles sur le site internet de Santé publique France.
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